通勤手当非課税限度額改正ガイド

改正の概要

令和 7年11月19日に所得税法施行令の一部を改正する政令が公布され、通勤で自動車などの交通用具を使用している給与所得者に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。

この改正は、令和 7年11月20日に施行され、令和 7年 4月 1日以後に支払われるべき通勤手当に適用されます。
令和 7年 4月 1日以後に改正前の非課税限度額を超えた通勤手当を支払っていた場合は、令和 7年の年末調整で差額の精算が必要です。

当サービスの対応

税額表の更新 

プログラムにより、交通用具（マイカーなど）を使用している給与所得者に支給する通勤手当の税額表が、改正後の非課税限度額に自動更新されます。

社員情報の「通勤手当３」を改正後の金額に更新  

これからはじめる給与処理については、改正後の非課税限度額で処理を行います。 
当サービスでは支給額にもとづき「通勤手当３」の「非課税通勤費」と「課税通勤費」を一括で改正後の内容に更新できる機能を用意しています。 
交通用具（マイカーなど）を使用している社員について、 ［社員情報］メニューの［住民税・通勤手当］ページで「通勤手当３」を設定している場合に、「非課税通勤費」と「課税通勤費」を改正後の金額に更新できます。 

令和 7年 4月 1日以後に支給した給与処理に遡って非課税通勤手当の差額を算出

年末調整前に、令和 7年 4月 1日以後に支給した通勤費の課税支給額を計算します。
当サービスでは、令和 7年 4月 1日以後に支払われた課税済みの通勤手当について、改正後の税額表にあわせて差額を自動で算出できます。
自動で算出された「非課税となる通勤手当」を年末調整に反映させて、精算できます。

源泉徴収簿の印刷  

源泉徴収簿等の年末調整資料に、精算した差額が「非課税となる通勤手当 xxx円」として印字されます。

令和 7年 通勤手当 非課税限度額改正対応説明会を開催

「通勤手当非課税限度額改正対応説明会」のアーカイブ動画と資料を確認できます。

以下の画像をクリックし、OBC公式ユーザーコミュニティサイト「奉行まなぼーど」にログインします。
ログインするには、奉行LANDのアカウントが必要です。
（当サービスをご利用いただいているご担当者様であれば、誰でも無料で視聴できます）

操作する必要性

以下のすべてに該当する場合は、改正を適用します。 

• 交通用具（マイカーなど）を使用している社員について、［社員情報］メニューの［住民税・通勤手当］ページで「通勤手当３」を設定している
• 片道距離が 10 km以上
• 課税通勤費が発生している

操作するタイミング

対応プログラムに更新されたら、すぐに以下の操作を行ってください。

• 社員情報の「通勤手当３」を改正後の金額に更新する
• 令和 7年 4月 1日以後に支給した給与処理に遡って課税（非課税）通勤手当の差額を計算する

社員情報の「通勤手当３」を改正後の金額に更新する

これからはじめる給与処理では、改正後の「非課税通勤費」および「課税通勤費」にもとづいて処理を行います。
そのため、以下の手順で［社員情報］メニューの［住民税・通勤手当］ページにある「通勤手当３」を、一括で改正後の金額に更新します。  

1. ［社員情報 ‐ 社員情報 ‐ 社員情報］メニューを選択します。
2. ［住民税・通勤手当］ページで、［F6：通勤更新］を押します。
   

3. ［社員情報 - 通勤手当３更新］画面で条件を設定し、［実行］ボタンをクリックします。
   

   注意	これから給与処理を行う退職社員がいる場合は、「〇年〇月〇日以降に退職した社員を含めて更新する」にチェックを付け、退職年月日を入力します。退職年月日を入力しない場合は、すべての退職社員の通勤手当３が更新されます。

4. 確認メッセージが表示されるので、［OK］ボタンをクリックします。
   
5. 「通勤手当３」を使用している社員の「非課税通勤費」「課税通勤費」が改正後の金額に更新されます。
   これからはじめる給与処理では、改正後の「非課税通勤費」と「課税通勤費」が初期表示されます。
   

令和 7年 4月 1日以後に支給した給与処理に遡って非課税通勤手当の差額を計算する

令和 7年 4月 1日以後に、改正前の非課税限度額で支払った通勤手当をもとに差額を計算します。

1. ［年末調整 ‐ 給料等調整入力 ‐ 給料等調整一括入力］メニューを選択します。
2. ［給料等調整一括入力 - 条件設定］画面で条件を設定し、［画面］ボタンをクリックします。
   
   1. 処理方法で、「通勤手当計算」を選択します。

   2. 改正前の非課税限度額で給与処理を行っている給与処理月を選択します。

      補足	初期値として、「2025年（令和 7年）4月分」～「現在給与処理月分」が表示されます。 すでに改正後の非課税限度額で給与処理を行っている給与処理月を含める必要ありません。

   3. 入力対象にチェックを付けます。

3. 計算の対象となる社員が表示され、各月の非課税限度額の差額の合計が「非課税となる通勤手当」に集計されます。
   計算する社員の「対象」にチェックが付いていることを確認し、［F2：実行］を押します。
   

   注意

   氏名の右側にやが表示される社員は、初期値として「対象」にチェックが付きません。 カーソルを近づけるとメッセージが表示されるので、内容をご確認ください。 （警告マーク） すでに［給料等調整一括入力］画面の「給料・手当等」の非課税支給額欄に、「非課税となる通勤手当」と異なる金額が登録されています。 この場合は、一度［F10：条件設定］を押し、［給料等調整一括入力］画面を閉じます。 ［給料等調整一括入力 - 条件設定］画面の処理方法で「給料等調整一括入力」を選択して［給料等調整一括入力］画面を開き、該当社員の「給料・手当等」の非課税支給額欄に登録されている金額を、「その他」の非課税支給額欄に入力しなおしてください。 「その他」の非課税支給額を入力しなおさず、「対象」にチェックを付けて計算を実行した場合は、「給料・手当等」の非課税支給額欄に「非課税となる通勤手当」が上書きされます。  （インフォメーションマーク） 以下の場合は、当サービスで「非課税となる通勤手当」の金額を見直す必要があります。 必要に応じて、各月の金額を確認して「対象」にチェックを付け、「非課税となる通勤手当」の金額を直接修正してください。 非課税限度額と異なる 「改正前の非課税限度額」と「給与処理で登録された非課税通勤費」が異なる月があります（通勤経路変更・給与処理での上書き入力など）。 通勤手当１, ２利用 ［社員情報］メニューの［住民税・通勤手当］ページで、「通勤手当３」と「通勤手当１」または「通勤手当２」を併用した状態で処理された月があります。

    

   補足	以下の処理月は、差額が計算されません。 課税支給額がない給与処理月 居住者区分が「1：非居住者」である給与処理月

4. 確認メッセージが表示されるので、［OK］ボタンをクリックします。
   

5. ［給料等調整一括入力 - 条件設定］画面の処理方法で「給料等調整一括入力」を選択し、［給料等調整一括入力］画面を開きます。
   計算を実行した社員について、「給料・手当等」の非課税支給額欄に「非課税となる通勤手当」が上書きされます。
   
    

   参考	すでに［給料等調整一括入力］画面の「給料・手当等」の非課税支給額欄に入力されている金額が、「非課税となる通勤手当」と同じ金額の場合は、計算を実行すると同じ金額で上書きされるので、金額は変わりません。

6. ［F10：中止］を押し、［F12：閉じる］を押してメニューを閉じます。
    

   注意	年末調整の処理状況が「処理済」の場合は、「処理中」に戻ります。 再度、［年末調整処理］メニューで年末調整計算を実行し、「処理済」にしてください。

以上で、通勤手当の差額の計算は完了です。

年末調整を行う

［年末調整処理］メニューで、通常どおり年末調整処理を行います。
［給料等調整一括入力］メニューに反映した「非課税となる通勤手当」は、給料・手当等の金額に反映して表示されるので、年末調整処理に加味して精算されます。

源泉徴収票を発行する

［源泉徴収票］メニューの支払金額に、「非課税となる通勤手当」を加味した課税支給額が表示されます。

年の途中で退職した社員に源泉徴収票を再交付する場合

1. ［年末調整 ‐ 給料等調整入力 ‐ 給料等調整一括入力］メニューを選択します。
2. ［給料等調整一括入力 - 条件設定］画面で条件を設定し、［画面］ボタンをクリックします。
   
   1. 処理方法で、「通勤手当計算」を選択します。
   2. 入力対象で、「退職社員」だけにチェックを付けます。

3. 「非課税となる通勤手当」に金額が表示されている退職社員のうち、すでに源泉徴収票を発行している社員を確認します。
   

   補足	画面左上の（クイックExcel）をクリックし、集計結果をExcelに転送できます。Excelのフィルター機能を使って金額が表示されている社員を絞り込み、確認することも可能です。

4. ［給与賞与 ‐ 管理資料 ‐ 源泉徴収票[退職者用]］メニューで該当社員を表示し、［F8：入力］を押します。
   
5. 摘要欄に「再交付」と入力し、［F12：登録］を押します。
   

源泉徴収簿を印刷する

［源泉徴収簿］メニューで、通勤手当非課税調整額計算により精算した社員の源泉徴収簿を印刷すると、「非課税となる通勤手当」が印字されます。

以下のメニューでも、「非課税となる通勤手当」が印字されます。 

• ［年末調整計算書］ メニュー 
• ［年末調整通知書］メニュー 
• ［源泉徴収簿兼賃金台帳］メニュー

よくある質問

改正について

改正の適用範囲

年末調整処理、源泉徴収票の記載・再発行

死亡退職・非居住者への対応

その他

『給与奉行クラウド』の対応

操作の流れ

社員情報

給与処理

給料等調整一括入力

年末調整／源泉徴収票／源泉徴収簿

その他