［支払消込］画面で、精算先／仕入先で合算せずに出力できますか

合算せずに出力できます。
［支払消込］メニューの［支払消込 - 条件設定］画面の［基本］ページで、支払伝票作成単位に「債務伝票」を選択すると、集計軸項目で任意の単位を指定して出力できます。