はい、できます。
管理者が[申告書代理入力]メニューで「保険料控除申告書」だけチェックを付けて代理入力し、[内容を保存する]ボタンをクリックして保存した後に、従業員に申告書の提出を依頼した場合は、従業員は他の申告書を提出(入力)できます。
従業員がログインすると、最初に[申告書選択]画面が表示されます。
「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書 ほか」は必ず提出するため、初期値でチェックが付きます。
「住宅借入金等特別控除申告書」の提出が必要な場合は、「給与所得者の(特定増改築等)住宅借入金等特別控除申告書」にチェックを付けると、入力できます。