得意先コードを変更した場合、過去の伝票に影響はありますか

得意先コードを変更した後は、過去の伝票も変更後の得意先コードで表示されます。
このため、変更前のコードと変更後のコードが混在することはありません。

『勘定奉行クラウド』の取引先との連携について

得意先コードを変更しても『勘定奉行クラウド』の取引先との関連付けは維持され、継続して仕訳伝票を作成できます。