翌事業年度へ繰り越す際に、税抜金額か税込金額かを指定できますか

指定できません。
繰り越される金額は、［経理業務設定］メニューの経理方式の設定にしたがいます。
今年度の経理方式が税抜経理方式の場合は「税抜金額」、税込経理方式の場合は「税込金額」が翌期に繰り越されます。