債務残高一覧表で、勘定科目ごとに取引先別の残高一覧を出力できますか

出力できます。
［債務残高一覧表］メニューの［債務残高一覧表 - 条件設定］画面で、以下のとおり設定してください。
［基本］ページ
集計軸項目
第１項目　「債務管理科目」
第２項目　「精算先」

出力項目の詳細は、ヘルプセンターの「債務残高一覧表」をご参照ください。