PDFファイルで受領した証憑に、電子印鑑機能で承認印を押すことは電子データ保存の観点から問題ありませんか

電子データの取引内容が変更されるおそれがなければ、電子印鑑機能で承認印を押すことは可能であると考えられます。ただし、例えば、相手方からタイムスタンプが付与された電子データを受領している電子取引の場合、改ざん防止措置の要件を満たさなくなる可能性があります。
したがって、電子承認印を押す前の電子データを保存要件を満たして保存したうえで、電子承認印が押されたデータは社内用データとして保存するのが電子帳簿保存法対応としてはよいと考えます。