紛失等の理由で再発行された電子取引データでも問題ありませんか

改ざん防止措置の対応方法によって異なりますが、「正当な理由がない訂正・削除の防止に関する事務処理規程」を定めて運用している場合は、その事務処理規程にしたがって対応してください。