受領した請求書がExcelやWordのファイルの場合に、PDF化すると表示されない文字などがありますが、このファイルを保管しても問題ありませんか

ExcelやWordのファイル形式で受領したデータをPDFファイルとして保存することや、パスワードが付与されているデータのパスワードを解除してから保存することは、その保存過程において取引内容が変更されるおそれのない合理的な方法により編集したものと考えられることから、問題ありません。

ExcelやWordのファイル形式で受領した請求書は、PDFファイルとして保存するか、スクリーンショットを画像ファイルとして保存したうえで、アップロードしてください。