請求書のPDFファイルのような電子取引データに、書き込みしてから上書き保存したり、別紙を添付して 1 ファイルとして保存しても問題ありませんか

電子データの取引内容が変更されるおそれがなければ、PDFファイルに書き込みして上書き保存することも可能であると考えられますが、例えば、相手方からタイムスタンプが付与された電子データを受領している電子取引の場合、改ざん防止措置の要件を満たさなくなる可能性があります。
したがって、書き込む前の電子データを保存要件を満たして保存したうえで、書き込みや別紙を添付する電子データについては、社内用データとして保存することを推奨します。