『勘定奉行クラウド』だけで、［証憑入力］メニューでの取引先マスターの整備や適格請求書発行事業者チェック機能を利用できるか

はい。『勘定奉行クラウド』の標準機能としてご利用いただけます。
証憑項目に「登録番号」を追加しておくことで、その場で取引先マスターを更新できます。
詳細は、こちらをご参照ください。

なお、『AI-OCRオプション』をご利用の場合は、証憑項目の取引先マスターや登録番号などを自動でセットすることができ、より入力作業やチェック作業が簡便になります。