施行日（2023年10月 1日）より前に、仕入税額控除できない消費税額を本体価格に上乗せする設定にしても問題ないか

事前に設定しても問題ありません。

本体価格に上乗せするかは免税事業者等との取引用の消費税区分によって判断しますが、施行日（2023年10月 1日）より前は、専用の消費税区分は使用できないようになっているためです。