三年一括償却資産を除却しても、税務上の残高が残るのはなぜですか

三年一括償却資産は税務上、取得から必ず 3 年かけて損金算入する必要があります。

そのため、3 年経過前（税務が償却済みになる前）に除却した場合は、税務上の帳簿価額は残ります。
会計上の除却損は、償却超過額として翌期へ繰り越されます。翌期以後、この償却超過額が認容され、税務上損金算入されます。