固定資産税（償却資産）の修正申告はできますか

修正申告できます。
［固定資産税申告データ作成］メニューの［基本］ページで「修正全資産申告」を選択して実行します。
実行前にあらかじめ［提出先］ページで、修正申告する固定資産税申告先だけ「作成する」に設定してください。