以下の原因が考えられます。
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［社員情報］メニューで提出先市町村が「000000（未設定）」で登録されている
申告したい市町村を登録してください。 -
［給与支払報告書（総括表）］メニューの［給与支払報告書（総括表） - 条件設定］画面の［詳細］ページで、「令和〇年の支払金額がない社員を含めて報告する」にチェックが付いていない
当年中に支払金額がない社員を含めて給与支払報告書を電子申告したい場合は、チェックをつけて［画面］ボタンを押してください。
漏れていた社員の給与支払報告書を含めて電子申告をやり直す場合は、ヘルプセンターの「追加・訂正・無効で差分申告する場合」をご確認ください。