同じ支払先（振込先銀行、口座番号）にもかかわらず、支払伝票ごとに振込手数料が計上されてしまう

同じ支払先に対する支払伝票が複数ある場合は、伝票ごとに振込手数料が計上されます。
［銀行振込］メニューでデータを集約した際に、支払伝票で計上済みの振込手数料と差額がある場合は、手数料伝票が作成され差額が計上されます。

詳細は、ヘルプセンターの「振込手数料の計上の流れ」をご参照ください。