年末調整をやりなおしていない社員も差分として電子申告に集計されてしまう場合は、以下の原因が考えられます。
意図せず年末調整をやりなおした社員がいる
差分として集計されている社員が全社員ではない場合は、集計されている社員の年末調整を登録しなおした経緯がないかをご確認ください。
全社員の源泉徴収票データに反映するマスターを修正している
［法人情報］メニューや［法定調書設定］メニューの設定内容を修正した場合は、全社員の源泉徴収票データにその変更が反映されます。
変更箇所を電子申告前の状態に戻して登録し、意図した社員だけが差分として電子申告に集計されるようになるかをご確認ください。