請求書などの証憑は、債務発生時・支払時どちらの仕訳伝票に紐付けるのが良いですか

債務発生時の仕訳伝票に添付すると、検索しやすいです。

原価や経費科目、もしくは未払科目の確認のために証憑を参照するケースが多いと考えられるので、債務発生（未払計上）時の仕訳仕訳に添付しておくとスムーズに検索できます。