スキャナ保存を適用した電子データや、電子取引等のデータを保存しない場合は、所得税法もしくは法人税法上の青色申告承認の取り消し処分の対象となる可能性があります。
ただし、保存要件を守ることができなかったものがあった場合に、その取引が正しく記帳されて申告にも反映されており、保存すべき取引情報の内容が、書面を含む電子データ以外から確認できるような場合には、それ以外の特段の事由が無いにも関わらず、直ちに青色申告の承認が取り消されたり、金銭の支出がなかったものと判断されたりするものではないとされています。
また、スキャナ保存時のスキャンデータや電子取引の電子データなどに改ざん等の不正があった場合は、通常課される重加算税に 10 ％加算されます。