請求書や領収書などの重要書類で仕訳伝票に添付する証憑は、アップロードして保存し、それ以外の注文書や見積書などの一般書類の証憑は、外部システムに保存してもいいですか

「改ざん防止措置」と「検索機能の確保」を満たしている場合は、外部システムに保存しても問題ありません。
「改ざん防止措置」を満たすためには、タイムスタンプを付与するか、「訂正削除の防止に関する事務処理規程」を策定・運用して、備付ける必要があります。