請求書を仕訳に紐付ける場合に、未払計上仕訳と振込仕訳（支払仕訳）のどちらに紐付けたらよいですか

通常は、原価や経費科目もしくは未払科目の帳簿の中身の確認のために証憑を確認する場合が多いと考えます。そのため、未払計上仕訳に添付しておくと便利に検索できます。ただし、未払計上仕訳および振込仕訳（支払仕訳）の両方の伝票に添付して運用もできます。