紙で受領した証憑については、ファイル名を管理していませんが、検索できるように管理した方がよいですか

紙で受領した証憑のスキャナ保存への対応は任意です。そのため、紙の保存を継続する限り、検索要件を満たす必要はありません。紙での保存を行わないでスキャナ保存を選択する場合は、検索要件も含めてスキャナ保存の要件を満たす必要があります。